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Diplômes et formations

2014

Doctorat en Ecologie Microbienne du sol, Université de Bourgogne.

Titre du mémoire : Lien entre la diversité microbienne, la stabilité des communautés microbiennes et le turnover de la matière organique du sol.

Thèse soutenue à Dijon le 25 Novembre 2014.

Directeur de thèse : Lionel RANJARD - Directeur de recherche, INRA, Dijon et Pierre-Alain MARON - Chargé de recherche, INRA, Dijon.

2010

Master Biologie et Environnement spécialité Microbiologie : Génome, Écologie et Biotechnologie, Université Blaise Pascal, Clermont Ferrand.

2009

Maîtrise Biologie et Environnement, Université Blaise Pascal, Clermont Ferrand.

2008

Licence professionnelle d'agronomie, Université Clermont Ferrand 1, Aurillac.

2007

DUT Génie Biologique spécialité génie de l'environnement, IUT Jean Monnet, Saint-Étienne.

2005

Baccalauréat technologique spécialité Sciences et Technologies de l'Agronomie et de l'Environnement, Lycée agricole de Dardilly.

Dîplomes et formations

Expériences professionnelles

2022

Chercheur indépendant

auto-entrepreneur

Services d'analyses en bioinformatiques et biostatistiques appliquées à l'écologie des communautés.

2019-2021

Chercheur postdoctoral

UMR CARRTEL, Université Savoie Mont Blanc, Le Bourget-du-Lac.

Missions de recherche : Caractérisation de la variabilité spatiale et de la dynamique temporelle de la production benthique de méthane et des communautés microbiennes associées.

Projet de recherche : Action Biodiversité et fonctionnement des écosystèmes lentiques : Indicateurs de fonctionnement des plans d'eau, Pôle R&D ECologie LAcustre.

Financement : Office Français de la Biodiversité (OFB)

2017-2018

Chercheur postdoctoral

Irstea, UR Riverly, Centre de Lyon-Villeurbanne.

Missions de recherche : Étude moléculaire et fonctionnelle des biofilms microbiens pour évaluer l'impact écotoxique des rejets d'usines de production médicamenteuse dans le milieu récepteur.

Projet de recherche : Projet SANOFILMS

Financement : SANOFI

2015-2016

Chercheur postdoctoral

Laboratoire HydroSciences (UMR 5569), Montpellier.

Missions de recherche : Caractérisation de la diversité des communautés bactériennes impliquées dans les processus biogéochimiques des drainages miniers acides.

Projet de recherche : ANR IngECOST-DMA

Financement : ANR

2010-2014

Contrat doctoral

UMR 1347 Agroécologie, Pôle Ecoldur, INRA, Dijon.

Sujet de recherche : Lien entre la diversité microbienne, la stabilité des communautés microbiennes et le turnover des matières organiques du sol.

Projets de recherche : ANR DIMIMOS et projet Européen ECOFINDERS

Financement : Bourse région de Bourgogne

Expériences professionnelles

Compétences professionnelles

TECHNIQUES

Microbiologie

Biologie moléculaire

Tests de toxicité

Design expérimental

Échantillonnage

Isolement, méthodes culturales (aérobie et anaérobie), caractérisation

Extraction ADN, purification et quantification ADN, technique PCR, etc.

Tests de toxicité PICT

Microcosmes, expérimentations in situ

Sol, eau, sédiment, biofilm et gaz

ANALYTIQUES

Bio-informatiques

Statistiques

Analyse de données issues des NGS (mothur, FROGS, QIIME, DADA2)

Analyse de variance, régression, analyses multivariées, co-occurence, etc.

GESTION  DE  PROJET

Management

Communication

Informatique

Encadrement de stagiaires, techniciens et ingénieurs

Rédaction de rapports et articles scientifiques, communications en congrès

Maîtrise de nombreux logiciels (Microsoft office, Photoshop, adobe, etc.)

LANGUES

Français

Anglais

Langue maternelle

Lu, écrit et parlé

Compétences professionnelles

Activités d'enseignement

EXPÉRIENCES D'ENSEIGNEMENT

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Biologie

Licence 1

16h éq TD

Ecologie microbienne

Licence 3

26h éq TD

Microbiologie

Licence 2

24h éq TD

Répartition des activités d'enseignement

Détail des enseignements ici

EXPÉRIENCES D'ENCADREMENT

  • 2018 : Amélie ROINAT (Master 2) – 6 mois.

Sujet de stage : Développement méthodologique d’un test de toxicité pour analyser l’impact des médicaments sur les communautés microbiennes de biofilms.

  • 2016 : Elia LAROCHE (Master 2) – 6 mois.

Sujet de stage : Caractérisation taxonomique et métabolique des communautés microbiennes actrices de la dépollution d’eaux minières arséniées.

  • 2015 : Elia LAROCHE (Master 1) – 3 mois.

Sujet de stage : Influence de l’oxygénation et de la hauteur d’eau sur la structure des communautés bactériennes d’un biofilm – cas du drainage minier acide de Carnoulès.

  • 2011 : Julie HARDIAL (Master 1) – 3 mois.

Sujet de stage : Analyse de la relation entre diversité microbienne et turn-over des matières organiques du sol.

Activités d'ensignement

Productions scientifiques

articles publiés dans les revues internationales de rang A

15

communications dans les congrès nationaux et internationaux

21

H index : 11
Rg score : 23.01

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Production scienttifiques

Référents scientifiques

MARON Pierre-Alain

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Directeur de recherche

INRAE, UMR Agroécologie, Dijon.
Equipe BIOCOM

 

Tel: +33 3 80 69 34 46

pierre-alain.maron@inrae.fr

PESCE Stéphane

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Directeur de recherche

INRAE, Centre de Lyon-Villeurbanne,  UR RiverLy.
Equipe Ecotoxicologie Microbienne Aquatique (EMA)

 

Tel: +33 4 72 20 87 95
stephane.pesce@inrae.fr

LYAUTEY Emilie

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Enseignante-Chercheurse

Université Savoie Mont Blanc,  UMR CARRTEL, Le Bourget-du-Lac.

 

Tel: +33 4 79 75 88 61
emilie.lyautey@univ-smb.fr

Référents scientifiques
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